A ETE é fundamentada no tratamento biológico secundário, não utilizando nenhum tipo de produto químico, chegando a possuir uma eficiência acima de 83% de remoção da carga poluidora, em que são tratados 600 m³/dia de efluentes gerados na indústria.

O resultado é uma água propícia para o desenvolvimento da vida aquática e, ainda, é reutilizada para a irrigação das áreas verdes da indústria.

A mesma atenção é dada às filiais que possuem posto de recepção de leite in natura. Cada uma possui o sistema tratamento de efluentes adequado à sua necessidade funcionando de forma satisfatória.

Com a finalidade de reduzir os níveis de material particulado lançado ao meio ambiente através de suas caldeiras, a COMPLEM utiliza briquetes (serragem prensada) e lenha de eucalipto como combustíveis, gerando, desta forma, gases aceitos pela legislação específica vigente.

Além disso, os resíduos sólidos da empresa têm destino adequado, sendo doados para os próprios funcionários e encaminhados para a reciclagem.

Atualmente, encontra-se em desenvolvimento o Sistema de Gestão Ambiental da empresa, que irá adequá-la ainda mais às normas ambientais e trazer benefícios no combate ao desperdício.